Indah sweety's

Pembelajaran lebih lanjut tentang aktivitas protein yang dikode oleh gen yang belum teridentifikasi

A2-6111 Indah_sweet — Thu, 30 Oct 2008 13:32:07 +0000

Nama : Endah Puspita Sari (BIJ006109)
Dwi Nur Indah Sari (BIJ006111)
Hanif Wibowo (BIJ006113)
Kode : K26-MS-07

Pembelajaran lebih lanjut tentang aktivitas protein yang dikode oleh gen yang belum teridentifikasi

Aktivasi dan inaktifasi gen merupakan teknik dasar yang dilakukan dalam penelitian genom untuk menentukan fungsi gen yang baru, namun kedua hal tersebut bukanlah satu-satunya cara yang dapat memberikan informasi mengenai aktivitas gen. Berikut ini beberapa metode yang dapat memperluas pengetahuan mengenai informasi dan identifikasi fungsi suatu gen :
1. Directed Mutagenesis Sebagai Pemeriksaan Fungsi Gen Secara Khusus
Directed Mutagenesis merupakan suatu metode yang digunakan untuk mengubah secara tepat sekuens gen yang diharapkan mampu mengubah struktur protein dan kemungkinan aktivitas protein. Pengubahan struktur protein dapat disusun dengan teknik mutagenesis langsung yang hasilnya diperoleh dari pengubahan sekuens nukleotida yang dikode suatu gen. Teknik ini bisa menguji fungsi bagian-bagian protein. Selain itu juga untuk mengetahui perkembangan enzim-enzim baru yang digunakan untuk tujuan biologi. Mutagenesis konvensional merupakan proses random yang mengenalkan posisi tidak spesifik dalam DNA. Penyaringan sejumlah besar organisme mutan dibutuhkan untuk menemukan mutan yang menarik. Walaupun penyaringan mikroba didapatkan dalam jumlah yang cukup banyak namun diharapkan didapatkan suatu range mutasi dalam gen yang tepat yang bisa digunakan untuk mempelajari protein lebih lanjut. Teknik ini memberikan arti yang lebih spesifik mengenai mutasi. Varietas manipulasi DNA akibat mutasi dapat digunakan dalam kloning gen. Sederhananya, untuk menghapus fragmen retriksi, membuka DNA pada tempat retriksi dan memindahkan sebagian nukleotida atau menyisipkan DNA baru pada daerah retriksi. Teknik yang digunakan untuk mengubah nukleotida pada posisi yang spesifik disebut oligonucleotide‐directed mutagenesis. Teknik ini membutuhkan single‐stranded DNA hasil cloning vector M13. Oligonukleotida tersebut akan menempel pada daerah yang komplemen dan dijadikan primer untuk membentuk double-stranded DNA sirkuler, seperti ditunjukkan pada gambar (A).

Setelah proses mutagenesis, sekuens gen dikenalkan dengan gen awal agar rekombinan homolog dapat menggantikan sekuens host dengan sekuens yang telah termodifikasi. Tahap selanjutnya yaitu 2 tahap penggantian gen. Tahap pertama diawali dengan penempatan gen marker yang berisi promoter dan gen resistan antibiotik pada gen target sehingga diperoleh DNA kromosomal baru. DNA kromosomal ini akan digantikan dengan gen mutan pada tahap kedua. Dengan dua tahap penggantian ini maka diperoleh sel mutan dan fenotipnya yang dapat diuji untuk menentukan pengaruh mutasi secara langsung pada aktivitas produksi protein.

Gambar . 2 tahap penggantian gen

2. Reporter genes dan immunocytochemistry dapat digunakan untuk mengetahui kapan dan dimana gen diekspresi.
Reporter genes berfungsi untuk menunjukkan kapan suatu gen diekspresikan. Hal tersebut ditandai dengan munculnya warna biru, fluorescent (berpendar) ataupun sinyal kimia lainnya yang bisa diperoleh saat uji visualisasi. Berikut ini merupakan Reporter gen yang ekspresinya dapat dimonitor secara tepat dan ideal dengan uji visual
Gene Gene product Assay
lacZ β‐galactosidase Histochemical test
uidA β‐glucuronidase Histochemical test
lux Luciferase Bioluminescence
GFP Green fluorescent protein Fluorescence

Immunocytochemistry berfungsi untuk mencari hasil visualisasi Reporter gen (dimana suatu gen diekspresikan). Suatu contoh sel yang dilengkapi dengan antibodi dilabeli dengan blue fluorescent marker. Pengujian sel menunjukkan bahwa sinyal fluorescent diasosiasi pada membrane mitokondria. Hipotesis ini menunjukkan bahwa protein target terlibat dalam transport elektron dan phosphorilasi oksidatif, seperti fungsi biokimia pada membran mitokondria

Gambar Immunocytochemistry.

DAFTAR PUSTAKA
Brown, T. A. 2002. Genomes, Second Editions. John Wiley and Sons Inc.,New York. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes
Situs Terkait

http://www.sciencemedia.com/website/demos/biochem/PCRMutagenesis.swf

http://www.primmbiotech.com/prod_serv/geex/site_dir.asp?cursor=98.2

http://jpkc.njau.edu.cn/anibiochemistry/donghua/PCR.swf

ftp://ftp.gam3aonline.com/Pharmacy/Microbilogy/Genetics.swf

CONTOH SPESIFIK KANDUNGAN REPETITIF PADA GENOM MANUSIA

A2-6111 Indah_sweet — Mon, 13 Oct 2008 16:46:43 +0000

CONTOH SPESIFIK KANDUNGAN REPETITIF PADA GENOM MANUSIA

v Nama        : Dwi Nur Indah Sari
v NIM           : B1J006111
v Kelas         : A2
v E-mail       : indah_sweety181@yahoo.co.id

v Blog : http://indahsweet.wordpress.com/ v Jenis topik : A2-GM9RINGKASAN

DNA repetitif merupakan sekuan pendek yang berulang-ulang yang saat ini belum diketahui fungsinya. DNA repetitif ini ditemukan di semua organisme. DNA repetitif dibagi menjadi 2 kategori (dapat dilihat pada Gambar 1) :

Gambar 1. Wide repeat genom dan Tandemly repeated DNA

sumber : Brown, T. A. 2002. Genomes, Second Editions. John Wiley and Sons Inc.,New York.

Dari gambar dapat dikatakan bahwa
· Wide repeat genom : mempunyai unit perulangan yang acak dan tersebar dan menghiasi genom sampai 44% dari total.

· Tandemly repeated DNA : unit ulangannya terletak setelah unit ulangan lainnya dan dalam 1 barisan.

· Wide repeat genom
Wide repeat genom terbentuk akibat aktivitas Element Transposable yang dapat bergerak di sekitar genom dan meninggalkan banyak kopiannya ketika bergerak di sepanjang genom sehingga dapat terbentuk genom yang berulang. Ada 2 kelas element transposable yaitu yang bergerak melalui RNA intermediet (menghasilkan SINEs, LINEs,dan LTR elements) dan yang tidak bergerak tanpa melalui RNA intermediet (contohnya DNA Transposons). Jadi dapat dikatakan ada 4 tipe wide repeat: SINEs (Short Interspersed Nuclear Elements), LINEs( Long Interspersed Nuclear Elements), LTR (Long Terminal Repeat) elements dan DNA Transposons. Letak dari keempat tipe wide repeat genom pada sepotong fragmen genom manusia dapat dilihat pada gambar berikut:

Gambar 2.
Sumber: Redrawn from Rowen et al. (1996).
· Tandemly repeated DNA
Tandemly repeated DNA disebut juga DNA Satelit karena ketika fragmen DNA disentrifugasi dengan gradient kepadatan akan terlihat sekuen barisan ulangan yang membentuk pita satelit. Contoh dari Tandemly repeated DNA adalah mikrosatelit.Sebuah mikrosatelit unit perulangannya pendek sekitar 13 bp.
Tipe mikrosatelit yang banyak di genom: dinucleotide repeats (tipe paling umum ±140.00 kopian di genom dan ½ darinya bermotif “CA”) dan single nucleotide repeat (banyaknya ± 120.000 di genom) , misalnya AAAAA. Hal ini dapat dilihat pada table di bawah ini

Table 1. Mikrosatelite pada genom manusia
Macam nukleotida ulangannya                        Perkiraan Jumlah Kopian pada Genom Manusia
1                                                                                                           120 000
2                                                                                                           140 000
3                                                                                                             37 500
4                                                                                                           105 000
5                                                                                                            56 000
6                                                                                                           49 000
7                                                                                                           27 000
8                                                                                                           35 500
9                                                                                                           27 500
10                                                                                                         27 500

11 28 000
sumber : IHGSC (2001).

Referensi

Brown, T. A. 2002. Genomes, Second Editions. John Wiley and Sons Inc.,New York.

Diakses 23 September 2008 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes)

Situs Terkait
1. globin.cse.psu.edu/courses/spring2000/repeats.html
2. http://www.repetitive-dna.org

Gambar imut

A2-6111 Indah_sweet — Tue, 06 May 2008 14:28:48 +0000

KUCINGKU SAYANG, KUCINGKU MALANG

A2-6111 Indah_sweet — Tue, 06 May 2008 14:14:58 +0000

Setelah lama ga mudik, ga ketemu ma keluarga, mama, bapak, ade, n cicing (nama kucingku), seneng banget rasanya menginjakkan kaki di rumah. 1 hari aku agaknya lupa ma si cicing karna kupikir dia lagi berkelana nyari temen. Tapi agaknya ada yang mengganjal entah apa itu. AKupun seperti biasa bermain ke tempat ade ku. Di sana aku banyak bercerita masalah kampuz dan semua yang aku rasain selama kuliah. memang ade ku lah yang selama ini jadi teman curhatku. ketawa, ngelucu, main, jalan-jalan semua aku lakuin hari tu. Dan seperti biasa kami selalu bertukar lagu2, video lucu ataupun foto2. ketika kulihat ada gambar cicing di Hp ade aku ajdi penasaran kemana perginya cicing selama ini. Dan bagai tersambar petir di siang bolong (hiperbol banget), ade ku bilang cicing sakit truz bangkainya ditemuin dah busuk di pekarangan rumah. rasanya aku pengen nangis banget mendengar semua itu…….Cicing kucingku sayang, kenapa mati ga nunggu aku pulang c…Ih, sedih banget! udah deh, aku dah rela atas semua yang terjadi ma cicingku, si kucingKU sayang, KUCINGKU MALANG..

Cationic-Magnetic-Bead Capture, metode baru untuk mendeteksi Enterobacter sakazakii

A2-6111 Indah_sweet — Sun, 04 May 2008 04:11:22 +0000

Enterobacter sakazakii merupakan bakteri gram negative yang tahan terhadap panas dan tidak membentuk spora. Bakteri ini bisa saja ada dalam tubuh manusia, namun jika jumlahnya berlebihan dapat menyebabkan beberapa penyakit, di antaranya diare, neonatal meningitis, hidrosefalus, sepsis, dan necrotizing enterocolitis, khususnya terjadi pada bayi yang berumur kurang dari 2 bulan. Selama ini, untuk mendeteksi adanya E. sakazakii dilakukan dengan metode yang memakan waktu paling sedikit 5 hari untuk identifikasi yang lengkap dan metode ini juga terbatas pada keselektifan terhadap Enterobacteriaceae. Oleh karena itu, perlu adanya metode yang dapat mendeteksi adanya E.sakazakii dengan cepat dan efektif. Salah satu metode tersebut adalah Cationic-Magnetic-Bead Capture. Metode ini sederhana karena hanya dengan pemisahan isi (E.sakazakii dari zat-zat lain) dan menumbuhkan dalam selektif agar, selain itu juga dapat mendeteksi E.sakazakii dalam 500g dari susu formula dalam waktu kurang dari 24 jam. Metode ini disebut Cationic-Magnetic-Bead Capture karena metode ini menggunakan prinsip penarikan elektrostasis antara kutub negatif dari lipoproteinsakarida dari bakteri gram-negatif dengan kutub positif (kation) dari Magnetic-Bead untuk memisahkan E.sakazakii dengan zat lain. Tahapan secara umumnya adalah perkayaan media dalam waktu singkat, kemudian penarikan bakteri dan terakhir mengidentifikasi bakteri setelah terlebih dulu ditanam dalam media DF1 agar.

Nama : Dwi Nur Indah Sari

NIM : B1J006111

e-mail : indah_sweety181@yahoo.co.id

Blog : http://indahsweet.wordpress.com/Sumber : Detection of Enterobacter sakazakii in Dried Infant Milk Formula by Cationic-Magnetic-Bead Capture

Monster Laut Baru dari Kanada

A2-6111 Indah_sweet — Sun, 06 Apr 2008 06:37:22 +0000

JAKARTA, MINGGU – Fosil tulang-belulang yang nyaris lengkap dari Kanada menunjukkan sosok makhluk reptil laut purba yang diperkirakan hidup di zaman dinosaurus. Tidak hanya dari jenis spesies baru, ia juga dari kelompok genus baru.
Para paleontolog menamai reptil purba sepanjang 3 meter ini Nicholisia borealis. Hewan tersebut masuk ke dalam kelompok plesiosaurus yang hidup di Zaman Creataceous antara 205 juta tahun lalu hingga 65 juta tahun lalu.
Para pekerja tambang di Alberta menemukan fosil tersebut tanpa sengaja saat menggali di kedalaman 60 meter. Fosil tersebut lama tersimpan sejak tahun 1994 di Museum Royal Tyrell di Drumheller, Alberta. Pemindaian tiga dimensi terhadap bagian otaknya dilakukan paleontolog Patrick Druckenmiller dan Anthony Russell dari Universitas Calgary baru-baru ini. Hasil pemindaian menunjukkan perbedaan yang sangat jelas dengan plesiosaurus lainnya yang telah diketahui spesiesnya,
“Individu yang satu ini merupakan pelopor di laut yang mungkin akhirnya menjadi penguasa laut barat di zaman Cretaceous,” ujar Druckenmiller. Hewan ini merupakan fosil plesiosaurus paling tua yang pernah ditemukan di Amerika Utara. Deskripsi spesies dilaporkan dalam jurnal Paleoontographica Abteilung A edisi terabru.

Adapted from Kompas

Hello world!

A2-6111 Indah_sweet — Sun, 30 Mar 2008 06:08:59 +0000

Welcome to WordPress.com. This is your first post. Edit or delete it and start blogging!